Le second d'exploitation organise les opérations liées aux cultures et aux élevages :
• Il définit les méthodes de travail et programme les opérations de production dans le respect des cahiers des charges signés par le chef d'exploitation.
• Il établit la répartition des tâches entre les salariés,permanents ou saisonniers. Il donne ses recommandations, supervise et contrôle l'ensemble des travaux menés.
• Il suit l'évolution des cultures et des animaux et remédie aux éventuelles déficiences en cas de résultats insuffisants en fixant, par exemple, de nouvelles consignes au personnel.

Le second d'exploitation participe à la gestion et aux choix stratégiques de l'exploitation :
• Il assure la gestion matérielle de l'exploitation (approvisionnement, maintenance des équipements).
• Il remplit les documents liés au suivi administratif et réglementaire de l'exploitation (fiches de traçabilité, déclarations d'embauche ).
• Il relève les données technico-économiques liées aux productions, les analyse et les rectifie si nécessaire. En lien avec l'exploitant, il entretient les relations avec l'ensemble des intervenants sur l'exploitation (fournisseurs, conseillers agricoles).
• A titre consultatif, il contribue au choix des productions et des objectifs technico-économiques.

Le second d'exploitation peut également être amené à assurer les démarches commerciales liées à l'exploitation (achat des fournitures, aliments, vente des animaux).